在《火影忍者》中，自来也与佩恩的对决是整部作品的重要篇章之一。这场战斗不仅展现了双方的实力差距，更深刻地体现了主角鸣人的成长轨迹。
故事发生在木叶村被佩恩毁灭之后，作为佩恩六道之一的长门发动了对村子的大规模袭击。在这场灾难中，自来也为了拯救村子，不惜牺牲自己，与佩恩展开了一场激烈的战斗。面对拥有轮回眼、掌控六道之力的佩恩，自来也展现出了身为“三忍”之一的强大实力。他利用自己的仙术与丰富的战斗经验，试图找到突破点。然而，由于佩恩的特殊能力——引力和斥力，以及他操控六道的能力，自来也始终处于劣势。
尽管如此，这场战斗的意义远超胜负本身。在与佩恩交手的过程中，自来也逐渐理解了长门内心的痛苦与挣扎。他意识到，佩恩并非单纯的邪恶，而是因为童年经历而走上了复仇的道路。这一发现让自来也更加坚定了培养鸣人成为新一代英雄的决心，同时也为鸣人最终击败佩恩埋下了伏笔。
最终，为了收集情报并传递重要信息给鸣人，自来也选择跳入大海自尽。他的牺牲不仅拯救了木叶村，更为鸣人提供了战胜佩恩的关键线索。这场战斗虽然短暂，却意义非凡，它标志着自来也在追求和平道路上迈出的最后一步，也为鸣人接下来的成长铺平了道路。