处理有争议的土地确权问题，需要综合运用法律手段、协商调解和行政裁决等多种方式，确保公平公正，同时兼顾各方利益。以下是一些关键步骤和原则：

1. 法律依据与政策支持

首先，明确国家相关法律法规及地方性法规作为土地确权的法律基础。例如，《中华人民共和国土地管理法》、《物权法》等为解决土地争议提供了法律依据。同时，关注中央及地方政府出台的相关政策文件，了解最新的确权指导思想和具体措施。

2. 充分调查取证

对争议土地的历史背景、使用现状进行全面调查，收集相关证据材料，如历史档案、地契、政府文件、证人证言等，为后续确权工作提供坚实的事实依据。

3. 协商调解优先

鼓励争议双方通过协商达成共识。在专业机构或第三方中立组织的协助下，组织双方进行沟通谈判，寻找双赢解决方案。若协商成功，则签订书面协议并依法办理土地使用权变更登记手续。

4. 行政裁决与司法途径

当协商无果时，可向县级以上人民政府申请行政裁决。若对裁决结果不满，可在规定期限内向人民法院提起诉讼。司法程序是解决土地争议的最后一道防线，法院将根据事实和法律作出最终判决。

5. 公开透明与社会监督

确权过程应保持高度透明度，公开相关信息，接受社会各界监督。设立专门咨询热线，解答民众疑问，增强公众参与感和信任度。

6. 长效机制建设

建立完善的土地争议预防与化解机制，包括定期开展土地权属纠纷排查、加强土地法制宣传教育、提高基层调解能力等，从源头上减少土地争议的发生。

总之，在处理有争议的土地确权问题时，需遵循法治精神，注重平衡各方权益，通过合法合规的方式妥善解决问题，促进社会和谐稳定。