限制性核酸内切酶（Restriction Endonuclease），简称限制酶，是一种能够识别DNA的特定序列，并在该序列处或附近切割双链DNA的酶。它们是分子生物学中一种非常重要的工具，在基因工程、遗传学研究和DNA重组技术等领域有着广泛的应用。

限制酶主要来源于细菌，作为细菌的一种防御机制，用于切割外来病毒的DNA，从而保护自身免受感染。这些酶能够识别并切割外来的DNA，但不会对自身的DNA造成破坏，因为细菌自身的DNA经过甲基化修饰，避免了被限制酶识别和切割。

限制酶在分子生物学中的应用包括：构建基因文库、基因克隆、DNA片段的体外连接、基因定位以及基因功能的研究等。通过使用不同的限制酶，可以将DNA切割成特定长度的片段，便于后续的操作。例如，利用限制酶可以将目的基因从一个载体上切割下来，然后将其插入到另一个载体中，实现基因的转移和表达。

限制酶的发现极大地推动了分子生物学的发展，使得科学家们能够更精确地操作和分析DNA分子，为人类疾病的治疗、作物品种改良以及生物制药等多个领域提供了强有力的技术支持。