在一个阳光明媚的下午，野原家正在举办一年一度的家庭烧烤派对。小新和他的小伙伴们在后院嬉戏玩耍，而妮妮则负责帮妈妈准备食物。然而，平静的生活很快被一个神秘的包裹打破——这个包裹来自远房亲戚，里面装着一颗闪耀着诡异光芒的黑色珠子。

小新对这颗珠子充满了好奇，他偷偷把它拿了出来，在朋友们面前炫耀。就在他触摸珠子的一瞬间，一道黑光闪过，珠子突然裂开，释放出一股强大的能量。随着能量扩散，原本晴朗的天空变得阴沉，空气中弥漫着令人不安的气息。

“不好了！黑暗珠珠逃出来了！”熟悉的声音从天边传来，原来是忍者老师急匆匆地赶到现场。“这是传说中的‘黑暗珠珠’，它一旦失控，会吞噬所有光明并带来灾难。”忍者老师严肃地说道，“我们必须立刻阻止它！”

小新虽然年纪小，但他知道不能坐视不管。他鼓起勇气站出来：“我愿意帮助大家找到黑暗珠珠，并把它送回封印！”他的决心感染了所有人，包括平时胆小的妮妮也表示愿意加入行动。

接下来的时间里，小新和伙伴们踏上了冒险之旅。他们穿越森林、攀登高山，还潜入了废弃工厂寻找线索。在旅途中，他们遇到了各种困难，比如迷失方向、遭遇陷阱，但凭借智慧与勇气一一克服。

最终，在一座古老的神社里，他们发现了黑暗珠珠藏身的地方。经过一番激烈搏斗，小新用他的幽默感成功吸引了珠珠的注意，趁机将它重新封印起来。当一切恢复平静时，天空再次放晴，太阳重新照耀大地。

这次经历让小新更加明白，无论遇到什么困难，只要团结一心，就没有解决不了的问题。而那颗神秘的黑暗珠珠，则成为大家共同守护的秘密。