《名侦探柯南》是日本漫画家青山刚昌创作的一部非常受欢迎的推理漫画作品，后被改编为同名动画。这部作品讲述了高中生侦探工藤新一在被神秘组织灌下毒药后身体缩小成小学生的模样，化名为江户川柯南，继续解决各种复杂的案件的故事。由于《名侦探柯南》的剧情非常丰富，涉及多个故事线和案件，所以没有一个明确的“主线剧情集数”的概念。不过，我们可以根据一些关键事件来划分不同的阶段。

1. 初期案件（第1话至第20话左右）：这一阶段主要介绍了主角工藤新一变为江户川柯南的过程，以及他与毛利兰的关系。同时，观众也逐渐了解到了黑暗组织的存在。

2. 毛利小五郎侦探事务所篇（第21话至第47话）：柯南住进毛利小五郎的侦探事务所，并通过一系列案件逐步揭露了黑暗组织的部分成员身份。

3. 学校生活与朋友篇（第48话至第100话左右）：这一阶段讲述了柯南在学校的生活，以及他与同学们之间的友情和共同经历的案件。

4. 黑暗组织相关案件（第101话至今）：随着故事的发展，柯南开始更深入地调查黑暗组织，揭露更多关于这个组织的秘密，同时也逐渐接近解开自己变小之谜的关键线索。

需要注意的是，《名侦探柯南》的故事仍在持续更新中，因此上述阶段划分并不是固定不变的，而是基于当前已有的剧情进行的大致分类。每个阶段都包含了许多精彩的案件和悬疑情节，使得整个系列成为了一部既充满智慧挑战又富有情感深度的作品。