主管反间谍工作的机关主要是指国家安全机关。根据《中华人民共和国反间谍法》的规定，中华人民共和国国家安全部是主管反间谍工作的机关。此外，公安机关等其他有关部门按照职责分工，密切配合，依法做好有关工作。

国家安全机关负责防范、制止和惩治间谍行为和其他危害国家安全的行为，维护国家安全和社会稳定。这些行为包括但不限于情报窃取、政治颠覆、恐怖活动等，严重威胁到国家的安全利益。因此，国家安全机关在国家安全体系中扮演着至关重要的角色，它不仅需要具备高度的专业技能，还需要与国际社会保持紧密合作，共同应对复杂的国际安全环境。

为了更好地履行职责，国家安全机关不断加强自身建设，提升专业能力，并通过开展宣传教育活动提高公众的国家安全意识。同时，也鼓励公民和组织积极举报涉及国家安全的信息，形成全社会共同维护国家安全的良好氛围。总之，国家安全机关在保障国家主权、领土完整和经济社会发展等方面发挥着不可替代的作用。