在一个风和日丽的下午，高中生侦探工藤新一在与黑暗组织的斗争中意外被灌下毒药，身体竟缩小成了小学生模样。从此，他以“江户川乱步”的笔名开始了在小学里的侦探生涯，这就是著名的《名侦探柯南》的故事。

然而，在一次案件追踪中，新一偶然发现了一种可以恢复成原来体型的方法。经过一系列艰难的实验与冒险，他终于成功变回了高中生的模样。这一消息震惊了整个东京，警方也对这位天才少年侦探的回归充满期待。

新一的归来让他的朋友们既惊喜又担忧。毛利兰看到昔日的恋人再次站在自己面前，眼中闪烁着复杂的光芒；灰原哀则默默注视着他，似乎在思考什么秘密；而少年侦探团的小兰、元太等人却对这个突然出现的大哥哥感到好奇不已。

新一并没有浪费时间，他立刻投入到新的案件侦查之中。这一次，他遇到了一个前所未有的挑战——一个隐藏在都市中的神秘组织，他们利用高科技手段进行犯罪活动，几乎无人能破获其留下的线索。为了揭开真相，新一必须重新审视过去的经历，并与老朋友以及新伙伴们携手合作。

随着调查深入，新一逐渐意识到，这个组织的背后隐藏着更大的阴谋。它不仅威胁到了个人安全，更可能动摇整个社会的根基。面对这样的对手，新一知道单凭自己的力量远远不够。于是，他开始寻找那些曾经帮助过他的伙伴们，包括FBI成员赤井秀一、CIA特工安室透等人。

最终，在一场惊心动魄的对决中，新一和他的团队成功瓦解了这个组织，为世界带来了和平。虽然过程充满了危险与泪水，但新一相信，只要心中有正义，就没有什么是不可能战胜的。而这段经历也让新一更加坚定了守护身边人的信念。